Les additifs alimentaires ne sont généralement pas nocifs pour la santé dans les conditions d'utilisation spécifique autorisée. Cependant, un certain nombre de colorants et de conservateurs sont suspects ou dangereux et il convient de les éviter. Certains additifs sont allergènes et/ou cancérigènes. Parmi les conservateurs et les émulsifiants, certains agissent sur l'appareil digestif en provoquant des irritations du tube digestif ou des ralentissements de la digestion ; d'autres ont une action sur la fixation de la vitamine B1 ou sur le taux sanguin de cholestérol. A cela vient s’ajouter une légère altération du gout qui peut être provoqué volontairement ou involontairement.
Par exemple le sirop de glucose-fructose fabriqué à partir des excédents de maïs et de blé et au fort pouvoir sucrant permet de conserver les aliments plus longtemps. Il ne coute pas cher c'est pourquoi on le trouve partout dans notre alimentation mais sa consommation favorise l'obésité. En effet, ce "sirop" n'est pas assimilé par l"organisme et contourne le sentiment de satiété du cerveau. Ce dernier ne le reconnait pas et ne peut donc pas envoyer de mise en garde lors de surconsommation.
D'autres conservateurs ne doivent pas être associés avec des nitrites au risque de créer des produits mutagènes. C'est le cas notamment de l'acide sorbique (E 200), du sorbate de sodium (201), du sorbate de potassium ( E 202) et du sorbate de calcium (E 203).
Enfin, certains conservateurs autorisées pouvant être nocif peuvent être interdits par l'agriculture biologique dont le cahier des charges préconisent une dose très réduite dans leur produit. C'est le cas de l'anhydride sulfureux (E220) et du dyphényl (E1230)
Les conservateurs ajoutés aux plats industriels pour les garder plus longtemps ont déjà montré des signes de nocivité chez des animaux. Des chercheurs ont étudié leurs effets sur des cellules humaines pour déterminer si l'homme peut continuer à ingérer ces additifs sans danger. L'étude parue dans Nature Communications a concerné trois produits : le BHT (butylhydroxytoluene), un antioxydant couramment utilisé dans les céréales pour petit-déjeuner et d'autres aliments pour protéger les nutriments et empêcher la graisse de rancir ; le PFOA (perfluorooctanoic acid) présent dans les ustensiles de cuisine ou les moquettes ; et le TBT (trybutylétin), composant des peintures pour bateaux qui se retrouve fréquemment dans les crustacés et produits de la mer
Les scientifiques ont prélevé des échantillons de sang puis ont reprogrammé les cellules pour qu'elles deviennent des cellules souches. Ils les ont ensuite cultivées et mises en contact avec les trois substances, séparément et toutes ensembles. Les analyses montrent que ces substances additives perturbent les réseaux de communication entre le cerveau et l'intestin. Résultat, les signaux de satiété ne passent plus correctement du système digestif au cerveau, qui pense qu'il faut encore manger. Les personnes qui consomment ces conservateurs sont donc plus susceptibles de continuer à manger alors qu'elles ont ingéré suffisamment de calories, menant ainsi à un gain de poids superflu.